Sejak berdiri pada tanggal 2 Agustus 1946, dibawah naungan yayasan BOPKRI (Badan Oesaha Pendidikan Kristen Republik Indonesia), hingga memasuki usia yang ke 64 tahun, SMA BOPKRI 1 Yogyakarta yang di kalangan masyarakat lebih dikenal dengan nama SMA BOSA berdiri pada tanggal 2 Agustus 1946, pada awal berdirinya menempati gedung bekas Holland Chinese School di Jln. Gemblakan 42 (sekarang Jln. Mas Suharto 42) dengan nama SMA BOPKRI pagi, selanjutnya SMA BOPKRI pagi terpaksa ditutup pada masa kolonial II (19 Desember 1948 - 29 Juni 1949). SMA BOPKRI pagi dibuka kembali pada tanggal 15 Juli 1949 dengan menempati gedung Gondokusuman dan Asrama Putra RS Bethesda.
Pada tanggal 19 Juni 1950 pengurus yayasan BOPKRI menerima hibah tanah, gedung dan peralatan dari VERENEGING SCHOOL m/d Bijbel (penyelenggara sekolah Kristen zaman Belanda) dan ZENDING (sekolah yang diselenggarakan oleh gereja-gereja Nederland di Indonesia). SMA BOPKRI pagi menempati salah satu gedung di jalan Pogung (sekarang Jln. Wardani 2). Gedung ini adalah bekas Christelijke MULO School yang pada zaman kemerdekaan ditempati oleh Akademi Militer Yogyakarta (Mei 1946 - Desember 1948).
Pada tahun 1952/1953 SMA BOPKRI pagi berganti nama menjadi SMA BOPKRI 1 Yogyakartadan menempati gedung di Jln. Wardani 2 Kota Baru Yogyakarta.
SMA BOPKRI 1 sudah berstandar ISO 9001:2008 dari Global Sertification maka SMA BOPKRI 1 siap menjadi peserta didik menuju masa depan yang lebih baik.
Melalui perjalanan yang panjang dalam eksistensinya di bidang pendidikan. Banyak Alumni SMA BOSA yang telah berprestasi di berbagai bidang dan menjadi tokoh di tingkat nasional. Segenap civitas akademika SMA BOSA sampai pada saat inipun senantiasa berupaya meningkatkan kualitas pelayanannya dalam ikut berperan mencerdaskan anak bangsa.
Hal tersebut dapat ditunjukkan dengan berbagai prestasi yang berhasil dicapai. Dalam akreditasi sekolah tahun 2004 SMA BOSA telah terakreditasi A dengan nilai 98,60 (nilai tertinggi di Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta). Prestasi tersebut berhasil dipertahankan oleh SMA BOSA dalam akreditasi sekolah yang dilaksanakan pada tahun 2008 terakreditasi A dengan nilai 98,75 (nilai tertinggi di Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta untuk kedua kalinya secara berturut-turut).
Pada tahun 2007 SMA BOSA telah ditunjuk menjadi salah satu sekolah R-SMA-BI (Rintisan Sekolah Menengah Atas Bertaraf Internasional) dan pada tanggal 2 Desember 2009 SMA BOSA telah berhasil mendapatkan Sertifikat ISO 9001:2008 dengan No Cert. 96Q11169 (merupakan SMA pertama di Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta yang berhasil meraih Sertifikat ISO 9001:2008).
Namun demikian SMA BOSA tidak akan berpuas diri dengan prestasi yang telah dicapai. Tantangan yang semakin berat dan persaingan yang semakin ketat di masa depan, memicu SMA BOSA untuk selalu berupaya meningkatkan kualitasnya dan siap menjadikan peserta didik menuju masa depan yang lebih baik.
